গ্রিন হাউসে ফসলের রোগবালাই কম হয়। কারণ এ পদ্ধতিতে তাপমাত্রা, আর্দ্রতা, দিবাদৈর্ঘ্য ইত্যাদিসহ পরিবেশগত যাবতীয় উপাদান নিয়ন্ত্রণের মাধ্যমে ফসল উৎপাদন করা হয়। পাশাপাশি প্রত্যেক উদ্ভিদের জন্য প্রয়োজনীয় সুষম পুষ্টি সরবরাহ করার যথাযথ ব্যবস্থা করা হয়। এতে ফসলও স্বাস্থ্যসম্মত হয়।